Depuis 1988, un suivi du peuplement des poissons du Vaccarès a été mis en place. La méthodologie choisie consiste en :

 cinq nuits consécutives de pêche, avec analyse pondérale globale (mesure des poids des filets relevés)

 quatre séries par an (deux au printemps, deux en automne)
 une analyse fine des captures, avec trois nuits échantillonnées par série, à partir d’un même secteur de filet : les poissons sont alors triés et pesés par espèce.

Vous pouvez retrouver les données de la campagne de pêche 2003 sur le compte rendu scientifique de la Réserve (en ligne à la page "données scientifiques"), dans le chapitre "Hydrobiologie", à la rubrique "Peuplements de poissons du Vaccarès".